Bảo tàng Alexandre Yersin (hay Bảo tàng Yersin) là một bảo tàng ở Nha Trang, Việt Nam. Đây nơi lưu trữ nhiều kỷ vật của bác sĩ Alexandre Yersin, một bác sĩ y khoa, nhà vi khuẩn học, và nhà thám hiểm người Pháp gốc Thụy Sĩ. Bảo tàng được thành lập năm 1997, nằm trong khuôn viên Viện Pasteur Nha Trang.

Alexandre Yersin đến định cư tại Nha Trang vào năm 1895, ông đã chọn làng Chài - Xóm Cồn. Ông sống trong chiếc lô cốt do Toàn quyền Pháp xây dựng bên bờ biển. Chiếc lô cốt vuông vức xấu xí được sửa sang lại thành căn hộ hai tầng duyên dáng. Sơ đồ nhà rất đơn giản, mỗi tầng chỉ có một phòng, xung quanh có hành lang với nhiều ô cửa liên tiếp nhau. Sau này mái nhà được cơi lên thành nhà vòm để ông đặt chiếc kính thiên văn.

Năm 1975, do chiến tranh căn nhà của Alexandre Yersin bị phá hủy. Nhưng từ năm 1958, đồ đạc trong nhà, vật dụng cá nhân, thiết bị khoa học và các tài liệu lưu trữ đã được thu thập và cất giữ trong hành lang và các phòng nằm xung quanh thư viện Pasteur, đó là bảo tàng đầu tiên về Alexandre Yersin.

Nhà bảo tàng mới nằm ngay cạnh Viện Pasteur Nha Trang, được xây dựng vào năm 1997, với ý muốn lưu giữ lại tinh thần sơ đồ căn hộ của Alexandre Yersin tại làng Chài, gồm một phòng ở giữa, xung quanh là lối đi tượng trưng cho hành lang của căn hộ cũ trước đây. Từ những tư liệu và dụng cụ ban đầu còn lưu giữ, bổ sung thêm các bản sao chụp, các sưu tập của bảo tàng và văn khố Viện Pasteur gợi lại hình ảnh cuộc sống của Alexandre Yersin trước đây.

Năm 1991, Bảo tàng Yersin được Bộ Văn hóa - Nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam công nhận là Di tích Lịch sử- Văn hóa.